Аптекарский приказ, учрежденный при Алексее Михайловиче, имел большое значение как основной административный медицинский орган. Просуществовав около столетия, он в 1707 г. был преобразован в Медицинскую канцелярию, которой управлял главный врач - архиятер. В 1714 г. канцелярия была переведена из Москвы в Петербург. Стремясь обеспечить медиками прежде всего военные части, Петр еще с 1706 г. подписал приказ о постройке военного госпиталя в Москве. Открытие его состоялось на следующий год. Одновременно при госпитале была основана и первая госпитальная школа для подготовки врачей. Через несколько лет подобные же госпитали и школы при них были открыты в Петербурге и в Кронштадте. Воспитанников школ набирали из окончивших духовные семинарии. Курс обучения был пятилетний, но первый выпуск Московской школы состоялся только в 1713 г.
Главными предметами в госпитальных школах были анатомия, физиология, латинский язык, практическая медицина. Учащиеся присутствовали на вскрытиях. В первые годы существования в школах остро чувствовался недостаток пособий. В 1744 г. преподаватели Кронштадтской школы подготовили учебный анатомический атлас, для которого все рисунки были выполнены одним из учеников школы, будущим врачом М. И. Шейным. Реформы, произведенные в организации медицинского дела в России директором Медицинской канцелярии доктором П. 3. Кондоиди, благотворно отразились на дальнейшем улучшении педагогического процесса в школах. Особенное внимание стали уделять изучению внутренних болезней.
В 1763 г. Медицинская канцелярия была преобразована в Медицинскую коллегию. Коллегия состояла из двух департаментов: первый ведал научной частью, а второй - снабжением. Находилась коллегия в Петербурге, а в Москве была учреждена специальная медицинская контора. С 1786 г. по распоряжению коллегии госпитальные школы были отделены от госпиталей и преобразованы в медико-хирургические училища. Реорганизация сказалась в том, что по основным дисциплинам - терапии, хирургии и акушерству - были значительно расширены учебные программы. В 1787 г. на юге России, в Елисаветграде, было открыто еще одно медико-хирургическое училище, в котором готовили врачей для южной армии. Некоторое время оно находилось в ведении А. В. Суворова. Вскоре было открыто медико-хирургическое училище в Симферополе (1794).
Деятельность Медицинской коллегии особенно оживилась к концу века при президенте Медицинской коллегии бароне А. И. Черкасове. Не будучи врачом, он интересовался медициной и всячески способствовал ее развитию. А. И. Черкасовым написан «План устройства правильного медицинского управления». Из членов коллегии надо выделить как наиболее видных ее деятелей И. К. Каменецкого и С. С. Андреевского. Первый из названных врачей в 90-х годах был направлен для борьбы с чумой в Крым. Им написано руководство для лечения внутренних болезней простыми средствами. По этой книге, переиздававшейся много раз, в семинариях изучалась практическая медицина. Кроме того, И. К. Каменецкий принимал участие в комиссии по отысканию отечественных источников лекарственного сырья. Врач С. С. Андреевский (1760-1818), воспитанник Кронштадтского военного госпиталя и школы, написал «Начертание первого карантинного устава» (1796) и «Инструкцию для врачебных управ» (1797).
В конце XVIII столетия Московское и Петербургское медико-хирургические училища были преобразованы в Медико-хирургические академии.
Госпитальные школы, в дальнейшем медико-хирургические училища, в течение XVIII столетия были основными педагогическими учреждениями, где готовились кадры русских врачей. Несмотря на материальные трудности, а главное, засилье иностранцев среди руководящего и педагогического состава, школы дали стране не только хороших практических работников, но и видных деятелей науки. Это объяснялось тем, что преподавание в них не было только теоретическим, а проходило в госпитальных палатах у постели больных. Нельзя не упомянуть о том, что госпитальные школы имели и общекультурное значение.
В деле подготовки медицинских кадров особо надо остановиться на роли Московского университета, у колыбели которого стоял М. В. Ломоносов. Им написан первый - проект организации университета, им составлен и первый план учебных занятий на медицинском факультете. Из стен медицинского факультета в этот период вышли видные терапевты, положившие начало новому учению о болезни. С открытием Московского университета в 1755 г. Россия получила высшую школу, способную готовить не только кадры практических врачей, но и ученых, педагогов, профессоров. В конце века университет получил право проводить защиту докторских диссертаций.
В 1797 г. были учреждены Врачебные управы. В каждой губернии в соответствии с «Положением об Управах» должны были находиться городские и уездные врачи. Несмотря на значительное увеличение числа врачей к концу XVIII века, врачебная помощь в России все еще была далеко не достаточной.